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El origen del perro chihuahua es un misterio hasta la actualidad, realmente no se tiene una verdadera historia que diga de donde proviene el perro chihuahua. El nombre oficial de este raza es "chihuahueño", aunque en Estados Unidos como la letra "ñ" no está en su vocablo adaptaron el nombre a "chihuahua", que ahora es el más comúnmente escuchado.

Existen muchas teorías de donde proviene esta raza en algunas de ellas son:

• La teoría más aceptada es la del perro que desciende de una raza antigua egipcia, llamada "Techichi". Esta raza fue traída a lo que hoy es el Estado de México, donde antes vivían la cultura de los Toltecas, esta cultura se encargo de domesticar algunos perros y que fueron compañía de esta civilización por mucho tiempo, después los toltecas cedieron sus riquezas a los aztecas quienes adoptaron al perro Techichi y algunos perros desnudos, pero lo interesante aquí es la gran similitud de el perro Techichi con el perro chihuahua de ahí que los chihuahueños son descendientes de los perros Techichi.
• La hipótesis de una antepasado del perro chihuahua es el perro crestado chino, llevado de Asia hasta el continente Americano a través del estrecho de Bering, entonces se dice que una antigua raza de perro se cruzo con este perro crestado chino y así se obtuvo la raza de perro chihuahua, también se dice que el perro crestado chino es el responsable del tamaño y estatura del perro chihuahueño, pero al final todo esto no está comprobado.
• La teoría del gran parecido que hay entre un perro chihuahueño y un zorro africano llamado Fennecus Zerda (zorro fenec), debido a que los rasgos físicos de este animal son muy parecidas a las de un perro chihuahua, y este zorro aparte no ajusta en los rasgos comunes de la familia de zorros, pesa un promedio muy parecido al chihuahua, entre 1 y 1.5 kg; Tiene orejas muy largas y sus ojos son grandes y redondos como los de un perro chihuahua. Estos dos animales son de zonas desérticas y aunque no tuvieran alguna conexión evolutiva, estos dos pequeños tienen grandes similitudes.
• Teorías dicen que algunas investigaciones genéticas, han demostrado que los chihuahueños actuales  son el resultado de la cruza de perros europeos, y entre algunos experimentos realizados en su ADN mitocondrial, se detecto que otros perros precolombinos de México, también presentaban algunos haplotipos de ADN iguales.

Estas fueron algunas de las teorías que  explican de donde puede ser el origen del pequeño y tan adorado perro chihuahueño, que en la actualidad existen más de 20.000 perros en nuestra civilización, y haciéndonos compañía.